Zwischen dem Schönberg und dem Schwarzwald am Nordende des Hexentals gelegen, gehört Merzhausen sowohl zur sogenannten Vorbergzone, wie auch bereits zum Schwarzwald, da durch die Gemeinde die Hauptverwerfung zwischen Oberrheingraben und Schwarzwald verläuft.
Merzhausen blieb auch nach der Reformation römisch-katholisch. Erst durch die Zuwanderung von Heimatvertriebenen nach dem zweiten Weltkrieg ergab sich eine relevante evangelische Gemeinde. Merzhausen hat Evangelische Johannesgemeinde Merzhausen und Kath. Pfarramt St.Gallus Merzhausen.
In Merzhausen betreibt man Weinbau. Hier werden ca. 15 Hektar Wein der Rebsorten Müller-Thurgau, Gutedel, Spätburgunder, Grau- und Weißburgunder sowie Riesling angebaut. In Merzhausen gibt es vier Weingüter, die diese Weine aus eigenem Anbau vermarkten: Weingut Ehret, Weingut Isaak, Weingut Kuner und Stiftungskellerei Freiburg.
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